旅館業を営業できる地域は、建築基準法や都市計画法で決まっております。
ちなみに旅館業ができるのは準住居、準工業、商業などの6地域です(例外規定あり)。では、用途地域が跨っている場合はどうなんでしょうか…
この場合、またがっている土地のより多くの面積がある方の用途地域が優先されます。
例えば、宅地100㎡のうち、準住居40㎡と第一種低層住宅専用に60㎡の用途地域にまたがっている場合、当該土地に建つ住居は旅館業の許可が取得できないことになります。
詳しくは自治体の建築課(自治体ごとに違う)にお尋ねください。